Romo Dewanto ditahbiskan sebagai pastor di Kota Baru Yogyakarta 14 Juli 1999. Seusai ditahbiskan, dia sangat ingin difoto sendirian di bawah sebuah pohon. Bahkan dia menolak teman-temannya yang ingin berfoto bersama.
Sebelum ditugaskan ke Timtim, Ny Lucia Rahayu minta diadakan doa pemberkatan untuk anaknya itu. Romo Dewanto berangkat ke Timtim 13 Agustus 1999, berbekal beberapa pakaian bekas mendiang ayahnya. Karena ditugaskan di pelosok, ia meminta keluarganya di Magelang jangan berkirim surat lebih dulu. Ternyata yang datang malah kabar dari Timtim, pastor muda itu telah meninggal dunia.
Romo Dewanto dibunuh oleh Milisi Timor-Timur di Gereja Suai pada tanggal 6 September 1999 ketika melindungi umat yang mengungsi di dalam Gereja dari kejaran dan ancaman para milisi bersenjata. Menurut kesaksian dari mereka yang selamat, Pater Dewanto, SJ ditembak dari belakang ketika menyerukan kepada para milisi untuk menghentikan tembakan dan ancaman kepada umat yang ada di dalam Gereja. Setelah membunuh Pater Dewanto, para milisi juga membunuh 2 imam praja yang ada di dalam Gereja. Jenazah mereka ditemukan beberapa hari kemudian, dikuburkan di dekat pantai. Pater Dewanto, SJ pada saat itu berumur 34 tahun dan baru kurang lebih satu bulan ditahbiskan menjadi seorang imam.(Sumber: Serikat Jesuit)